うーん...
まぁ、お手並み拝見というところか
perl の cgi が動かないとの問い合わせ
ファイルやフォルダの permission には問題なさそう
結局のところ、改行コードが原因
先頭行の #!/usr/bin/perl の後ろの CR+LF を LF にすることで解決